为了进一步做强主业，为清水海项目完工后奠定运营管理基础，2011年6月，昆明自来水集团有限公司上报市国资委批准，成立全资子公司昆明清源自来水有限责任公司，公司于2011年11月15日注册成立，注册资本7569.74万元，经营范围包括清水海水库管理、原水输送、净水处理、输配水和自来水销售服务，着力于用户发展，供水设施（含供水管网）的安装、维修、维护，供水物资销售、供水技术咨询等相关业务。

清源公司承担除主城通用水务供水范围外的三个半岛片区、螺蛳湾片区、大渔片区、马金铺片区（含古滇国片区）、呈贡区、经开区、昆明空港经济区及今后的杨林片区、白鱼的城市供水及清水海水库、输水管线的运营管理。包含清水海工程全部资产、现呈贡新区自来水有限公司资产及集团公司投入的其它资产。清源公司人员编制400人以内，下设18个职能部门。